为提高畜禽养殖废弃物的利用价值，减少传统处理手段带来的环境污染问题，有必要加大对有机肥工艺的应用力度。目前，畜禽养殖废弃物生产有机肥的工艺流程主要有发酵后造粒做粒状产品、发酵后做粉状产品，以及添加微生物菌剂做生物有机肥等。
有机肥生产的发酵环节主要是提供有利于废弃物发酵的菌种、辅料及温湿度环境等，促使畜禽废弃物快速发酵，然后再通过一定的造粒手段进行处理，得到富含氮磷钾等植物营养元素的有机成品。目前比较常用的有机肥发酵技术包括堆式发酵和反应器发酵两大类，其中，堆式发酵属于比较传统的发酵技术，其基本过程如下：首先对畜禽废弃物进行脱水、除杂等预处理，然后加入特定的微生物发酵菌种和辅料调理剂，再置于搅拌机中，待物料充分搅匀后再运至合适的地方堆置发酵，根据具体工艺情况的不同，有时需要定期翻推，以确保空气流通，保证氧气供应，并及时将发酵产生的过量潮气排出。根据堆肥方法的不同，堆式发酵可分为条垛堆肥、通气堆肥、槽式堆肥等，不同的堆肥方法在占地面积、发酵时间、产量等方面各有不同。
（１）条垛堆肥，需在 ２０ ℃ 环境下腐熟１５～２０天 ，期间适时进行一两次翻堆，再静置２～３个月，便可腐熟。条垛堆肥的优点在于操作技术简单，可随意调节堆垛长度，且无需投入昂贵设备，但缺点是腐熟过程耗时较长，且 堆 高 较 低，一 般 不 超 过１、２m，需占用大量场地。
（２ ）通气堆肥，即利用风机、多孔管道等对堆肥内部进行通风供氧，这样能够大大缩减发酵腐熟的时间，一般４周左右即可，并且可以将堆肥高度提高到２m左右，从而减小场地占用，但缺点是打造通风系统需要一定的成本投入，并且需要增设除臭系统以满足相关环保要求。
（３ ）槽式堆肥，即将堆料放到长槽式装置中发酵，用翻抛机沿着槽的纵轴方向来回移动搅拌，这个过程也能起到供氧作用。采用槽式堆肥时，一般控制料深在１。２～１。 ５m之间， ３～５周后即可发酵完全，但其设备投入及运行成本比条垛堆肥和通气堆肥要高一些，且搅拌结构易被粪便腐蚀和磨损，要定期给予维护或换新。
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